Alain Lajoie travaille à l’IRSST depuis 1981. Auparavant, il avait acquis une expérience comme chimiste en environnement et SST. À l’Institut, il occupe plusieurs fonctions de gestion : coordonnateur soutien analytique, directeur des services et expertises de laboratoire, directeur des opérations. En 2006, il devient directeur de la recherche et de l’expertise. Il occupe également la fonction de président de l'Association québécoise pour l'hygiène, la santé et la sécurité du travail (AQHSST) et de la Fondation de l’AQHSST, entre 2005 et 2012. Il devient le directeur général de Via Prévention, en 2008.