Les partenariats se concrétisent par le biais d'ententes formelles par lesquelles l'Institut et d’autres organisations s'associent et s'engagent conjointement à développer des secteurs particuliers de la recherche en santé et en sécurité du travail. Les partenaires peuvent ainsi d’une part mettre en commun des ressources financières et techniques pour optimiser leurs expertises, et d’autre part encadrer des investissements financiers de chacun des partenaires pour soutenir la réalisation d’activités scientifiques.

L’IRSST est ouvert à l’établissement de partenariats de recherche, de développement et d’innovation avec des partenaires des secteurs publics (ministères, organismes subventionnaires, sociétés d’État, administration locale, universités, collèges), privés sans but lucratif (fondations, organismes communautaires, organismes de recherche) et privés à but lucratif (petites, moyennes et grandes entreprises) provenant du Québec, du Canada et de l’international.

L’IRSST est reconnu par le Ministère de l’Économie, de l’Innovation et de l’Énergie comme Centre de recherche public admissible. Une entreprise peut donc bénéficier d’un crédit d’impôt remboursable pour des travaux de recherche scientifique et de développement expérimental effectués par l’IRSST.